江苏省生态地质调查大队根据职责履行需要、省委编办有关规定及事业单位岗位设置规定，按照精简效能的原则，设置办公室（党委办公室）、人事科、财务审计科、安全技术质量科、生态地质调查中心、水工环地质调查中心、生态保护与修复中心、生态环境地质监测中心、生态地质信息中心和离退休服务科10个内设机构：

1.办公室（党委办公室）。负责队日常运转工作；承担文电、机要、档案、宣传、信访维稳、队务公开、信息化管理、后勤保障、政策法务、政府采购、合同管理等工作；承担基地物业管理；承担党建及纪检、群团等工作。

2.人事科。负责队干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、职称申报、岗位聘任、教育培训、综合考核等日常管理工作，承担队人才工作和职工队伍建设工作。

3.财务审计科。负责制定队财务、资产、审计管理规定制度；负责财务管理与会计核算工作；负责国有资产管理、绩效管理、内部控制等工作；承担内部审计等工作。

4.安全技术质量科。负责队安全生产管理工作；负责编制队科技发展规划；负责开展队科研项立项、项目技术管理和科技创新平台建设、地质科普宣教、科技对外交流和合作；负责队质量环境职业健康安全体系运营管理及资质建设、科技成果管理与转移转化应用。

5.生态地质调查中心。承担全省基础性、公益性、战略性生态地质调查评价，开展生态地质调查相关技术性、服务性支撑工作。

6.水工环地质调查中心。承担基础性、公益性水文地质、工程地质、环境地质等专项地质调查评价工作。

7.生态保护与修复中心。开展生态地质调查与生态保护修复技术理论研究和应用推广工作，承担山水林田湖草综合治理及生态景观设计等工作。

8.生态环境地质监测中心。开展生态环境地质监测预警预报、监测网络建设与维护、预测研判生态环境形式等工作。

9.生态地质信息中心。开展地质调查项目资料一体化、标准化、规范化存储管理，数据库建设与维护，生态地质科普等工作。如基金项目资料汇交、地质资料信息化及数据库建设等。

10.离退休服务科。负责队离退休人员服务等工作。